De modo a garantir os princípios de igualdade e equidade, os critérios são definidos tendo em conta dois aspetos fundamentais: aspetos regionais e aspetos clínicos.

- Os critérios regionais permitem que os órgãos de dadores de uma determinada região sejam transplantados na mesma região, para diminuir ao máximo o tempo de isquémia (tempo máximo que pode decorrer entre a colheita do órgão e o seu transplante no recetor).

- Os critérios clínicos definem a compatibilidade entre dador/ recetor e a gravidade do doente. Existe um critério clínico que está acima dos critérios regionais, que consiste na urgência/ emergência da necessidade do doente relativamente ao transplante. Um pedido super urgente ou emergente tem prioridade absoluta em todo o território nacional. Para pedidos de outras naturezas, os órgãos são atribuídos de acordo com os critérios territoriais.